Untuk meningkatkan mutu pendidikan sekolah menjalin kerjasama dengan institusi/lembaga pemerintahan dan swasta sebagai berikut.
| NO. | NAMA LEMBAGA | BIDANG KERJASAMA | KETERANGAN |
| 1 | UGM Yogyakarta | Pendidikan | Dosen untuk RSBI |
| Pendampingan Guru | |||
| 2 | UNY Yogyakarta | Pendidikan | Dosen untuk RSBI |
| PPL Mahasiswa | |||
| Kursus B. Inggris | |||
| 3 | UST Yogyakarta | Pendidikan | Dosen untuk RSBI |
| Kursus B. Inggris | |||
| 4 | UII | Pendidikan | Kursus B. Inggris |
| 5 | PPPG Yogyakarta | Pendidikan | Dosen untuk RSBI |
| 6 | UAD Yogyakarta | Pendidikan | PPL Mahasiswa |
| 7 | UPY Yogyakarta | Pendidikan | PPL Mahasiswa |
| 8 | Prima Gama | Pendidikan | Pendalaman materi |
| 9 | Forum Tutor Yogyakarta | Pendidikan | Pendalaman materi |
| 10 | USD Yogyakarta | Pendidikan | PPL Mahasiswa |
| Tes Toefl | |||
| 11 | SMA N 1 Yogyakarta | Pendidikan | Tempat Tes Sertifikasi |
| 12 | Cambridge Of Univercity | Pendidikan | Penyelenggara Sertifikasi |
| 13 | Pemda Bantul | Pembiayaan | Bantuan untuk RSBI |
| Pengadaan tanah | Bantuan untuk RSBI | ||
| 14 | Pemda Propinsi DIY | Pembiayaan | Bantuan untuk RSBI |
| 15 | Pemerintah Pusat | Pembiayaan | Bantuan untuk RSBI |
| 16 | SMA N 3 Malang | Pendidikan | Study Banding RSBI |
| 17 | SMA N 3 Yogyakarta | Pendidikan | Study Banding RSBI |
| 18 | Desa Kasongan | DUDI | Kunjungan Lapangan |
| 19 | Dewan Sekolah | Pembiyaan Pendidikan | Kemitraan |
| 20 | Puskesmas Kasihan | Kesehatan | Pemeriksaan Kesehatan berkala Siswa, guru dan karyawan |
| 21 | Polsek Kasihan | Kesadaran Berlalu lintas dan Pekat | Penyuluhan Kesadaran Berlalu lintas dan Pekat |